Будущее организации зависит от ответных действий Колсона, после того, как Гонсалес делает свой шаг. Скай делает новое открытие после знакомства со сверхчеловеком.

Колсон оказывается на пороге новой войны, которая приходит совершенно неожиданно, сразу после отвратительного открытия. Скай не может совладать со своими приобретенными способностями.

Команда до сих пор не может прийти в себя, когда узнали шокирующие новости, теперь они не знаю, как поступить с одним из своих. Бобби и Мак пытаются доказать свою преданность Хантеру.

Кэл находит возможность, как отомстить Колсону и его агентам, поэтому занимается поиском суперзлодеев. Тем временен Мэй обращается за помощью к своему бывшему мужу, поскольку на кону находится целостность команды.

Команда спешит помочь леди Сиф, которая во время тяжелой битвы с сильным воином, потеряла память. Мак и Бобби продолжают таит от своих близких истинные намерения.

Команде предстоит прийти в себя после борьбы с Гидрой, которая, в свою очередь, уже делает очередные встречные шаги по внедрению предателя.

Между агентами Колсона и сторонниками Уайтхолла завязывается серьезное противостояние, которое будет иметь отрицательные последствия абсолютно для каждого. Некоторые секреты Ская будут раскрыты.

Агенты находят стародавний город, находящийся прямо перед Гидрой, но разоблачение секрета может обойтись слишком дорого для Щ.И.Та, поскольку необходимо пожертвовать одним из сотрудников.

Агент Картер возвращается. Команда Колсона противостоит Гидре, после чего раскрывается древняя тайна. А Уорд использует своего брата сенатора, чтобы вернуться в воспоминания из прошлого.

Команда находит тела, которые помечены загадочными инопланетными символами, о которых Колсон знает не по наслышке. Все его секреты и ложь должны быть раскрыты.